养殖后期，随着饲料投喂增加，鱼塘底恶化，塘水老化，容易出现富营养化现象，须加强管理。
富营养化的危害
引起藻类种群的变化 水体富营养化极易使原来为罗非鱼提供饵料的优势种群如硅藻、甲藻等数量减少，而被一些不易消化的藻类等代替，水体颜色也随优势种群而改变。这些藻类的过度增殖，一方面，使水面形成云斑状“水华”，并发出腥臭味，恶化水质，影响罗非鱼生长发育；另一方面，藻类过多，吸附到鱼鳃上可影响呼吸，藻类死亡后，其蛋白质分解可产生羟胺、硫化氢等有毒物质，威胁着鱼类等水生生物的生存。
造成水体溶氧的剧烈波动 白天由于藻类及水生植物的光合作用，可使水体溶氧处于饱和状态，而夜晚则因大量藻类、藻类尸体、有机污染物、好气细菌等消耗氧气而造成水体缺氧。特别在夏秋两季，水温高，有机质的腐败分解快，耗氧量更大。同时，大量藻类覆盖水面，会影响中下层水体的光合作用，使溶氧呈垂直分层，可造成罗非鱼窒息死亡。
水体毒性增强 富营养化水体，硝酸盐、亚硝酸盐含量高，这些化合物经氯制剂消毒后，能形成多种致癌物质。而亚硝酸盐的衍生物亚硝胺，本身就是一种强致癌物质，对罗非鱼的生长有极大的危害，易造成罗非鱼畸形。
易引起整个池塘鱼类疾病并发 养殖水体有机质积累增多，可导致病原微生物的大量繁殖，一旦鱼体损伤，病菌便迅速侵袭伤口，造成短期内呈暴发性感染。如淡水鱼类暴发性流行病就与水环境恶化有很大关系。
富营养化的防治
1、通过换水、注水等手段稀释污染水体，降低营养物质浓度；经常开启增氧机，曝气增氧，避免溶氧分层；科学投饵施肥，对于富营养水体不施化肥和有机肥；调整放养结构，相对减少罗非鱼放养量，增加滤食性鱼类的放养量；藻类过多也可人工打捞清除。
2、药物治理方式，对于藻类大量繁殖的“水华”，可以喷洒0.7克／立方米硫酸铜和硫酸亚铁合剂(5：2)加以扑灭；经常使用生石灰、漂白粉改善水质，杀灭有害藻类和病菌；对有机物过多的水体，投放过氧化钙等增氧剂增加溶氧，促使其它饵料生物的繁殖；若水体悬浮物较多还可以用明矾澄清。
3、利用生物制剂防治，泼洒生物净水剂，如：化能异氧细菌、光合细菌等一类高效活性微生物制剂，它能快速降解、转化养殖水体中的有机污染物和氮、磷等营养素，并能有效抑制水体中病原微生物和有害藻类的生长和繁殖，降低氨氮、亚硝基氮、硫化氢等毒物含量，改善水质，促进养殖生物的快速生长。
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